فى إطار حرص القوات المسلحة على تطبيق أعلى معايير الجودة بمختلف المنشآت التعليمية العسكرية، حصلت كلية الطب بالقوات المسلحة على الاعتماد المؤسسى من الهيئة القومية لضمان جودة التعليم والاعتماد وذلك بعد استيفائها كافة الشروط والمحددات اللازمة للحصول على ذلك الاعتماد، وقد سبق هذا الاعتماد حصول الكلية على شهادة الاعتماد البرامجى واعتماد جميع برامجها الدراسية فى المجالات الطبية المختلفة.
وتسعى كلية الطب بالقوات المسلحة على مواكبة التطور العلمى المتلاحق فى مختلف مراحل المنظومة التعليمية لإعداد أجيال جديدة من الأطباء المتسلحين بكل ما هو جديد فى المجالات الطبية التخصصية المختلفة وبما يسهم فى تقديم خدمة طبية متميزة للعسكريين والمدنيين على حد سواء